На одном хроматографическом форуме возникла дискуссия относительно добавления кислоты (муравьиной или трифторуксусной TFA) в мобильную фазу при ЖХ/МС и в водный А-элюент, и в органический В-элюент. 

В этом есть какой-нибудь смысл? 

На самом деле ответ зависит от того, какую роль играет кислота в процессе разделения. Если кислота добавляется в мобильную фазу только для того, чтобы поддерживать низкое значение рН, то это вряд ли имеет большое значение. Если она добавляется только в А или и в А, и в В, и пока она присутствует в финальной смеси в достаточном количестве. Например, 0.1% муравьиной кислоты в растворителе А превращается в 0.01% муравьиную кислоту, если ее использовать с ACN в соотношении 10:90 – в какой-то момент времени, когда муравьиной кислоты оказывается недостаточно. 

На ум приходят два случая, когда добавление кислоты в В-растворитель может быть важным. Первый это когда имеет значение ионная сила мобильной фазы. Такое может случиться, если в процессе разделения важную роль играют ионные или электростатические взаимодействия, например, при ионообменных процессах. При обмене ионов ионная сила в мобильной фазе будет влиять на процесс разделения. Еще один пример – хроматография гидрофильных взаимодействий (HILIC), при которой удержание является результатом процессов разделения и электростатических процессов. В обоих примерах, пока вы последовательны, в приготовлении мобильной фазы, все должно быть ОК.